太宗出游就跟随左右。己巳日，明州獠人反叛；派遣交州都督李道彦讨伐平定他们。
十二月辛巳日，左武候将军上官怀仁在壁州攻打反叛的獠人，大败他们，俘获男女一万多人。
这一年，任命给事中马周为中书舍人。马周机智善辩，中书侍郎岑文本常常称赞：“马君议论事情，引经据典，品评古今，抓住要点，删去繁杂，文辞恰当，道理透彻，一字不可增，也不可减，听他说话，娓娓动听，令人忘记疲倦。”
霍王李元轨喜好读书，恭敬谨慎，安分守己，言行举止不鲁莽。担任徐州刺史时，与处士刘玄平结为平民之交。有人问刘玄平霍王的长处，刘玄平说：“没有长处。”提问的人感到奇怪。刘玄平说：“人有短处才能显现出长处，至于霍王，没有短处，我怎么能称赞他的长处呢！”
起初，西突厥咥利失可汗将国家分为十部，每部设置一名酋长，还各赐予一支箭，称为十箭。又分为左、右两厢，左厢号称五咄陆，设置五大啜，居住在碎叶以东；右厢号称五弩失毕，设置五大俟斤，居住在碎叶以西；统称十姓。咥利失失去民心，被他的大臣统吐屯袭击。咥利失战败，与他的弟弟步利设逃到焉耆据守。统吐屯等人准备拥立欲谷设为大可汗，恰逢统吐屯被人杀死，欲谷设的军队也战败，咥利失重新收复了原来的土地。到这时，西部部落最终拥立欲谷设为乙毘咄陆可汗。乙毘咄陆即位后，与咥利失展开大战，伤亡惨重。于是将西突厥的土地一分为二，自伊列水以西归乙毘咄陆管辖，以东归咥利失管辖。
处月、处密部落与高昌一同攻占焉耆的五座城池，劫掠男女一千五百人，烧毁他们的房屋后离去。
贞观十三年，公元639年春季正月乙巳日，太宗车驾前往献陵祭拜；丁未日，返回宫中。
戊午日，加封左仆射房玄龄为太子少师。房玄龄自认为担任宰相十五年，儿子房遗爱娶了太宗的女儿高阳公主，女儿是韩王妃，深怕地位过高招致灾祸，便上表请求解除宰相职务；太宗没有同意。房玄龄坚持请求不止，太宗下诏禁止他再上表，他才就职。太子想向房玄龄行拜师礼，设置了仪仗侍卫等待他，房玄龄不敢拜见太子，直接返回，当时的人都赞美他谦逊有礼。房玄龄认为户部掌管天下的利害得失，曾经有空缺，没能找到合适的人选，于是自己兼任了这一职务。
礼部尚书永宁懿公王珪去世。王珪性情宽厚，生活十分节俭。到现在，三品以上官员都建立了家庙，王珪显贵已久，却只在卧室祭祀祖先。被司法部门弹劾，太宗没有追究，命令有关部门为他建立家庙，以此让他羞愧。
二月庚辰日，任命光禄大夫尉迟敬德为鄜州都督。
太宗曾经对尉迟敬德说：“有人说你要谋反，为什么？”尉迟敬德回答：“我谋反是事实！我跟随陛下征战四方，身经百战，如今能活下来，都是从刀枪箭雨中侥幸脱险的。天下已经平定，却反而怀疑我谋反吗！”于是解开衣服扔在地上，露出身上的伤疤。太宗为此流下眼泪，说：“你穿上衣服，我不怀疑你，所以才告诉你，你又何必怨恨呢！”
太宗又曾经对尉迟敬德说：“我想把女儿嫁给你，怎么样？”尉迟敬德叩头辞谢说：“我的妻子虽然粗陋，但我们一起经历贫贱，已经很久了。我虽然没有学问，但听说古人富贵了也不更换妻子，这不是我想要的。”太宗于是作罢。
戊戌日，尚书省上奏：“近代挑选后宫嫔妃，有的来自微贱家族，不懂得礼仪教化；有的来自受过刑罚的家庭，心中积满忧愁怨恨。请求从今以后，后宫及东宫的职位有空缺，都挑选出身良家、有才能德行的人补充，按照礼仪聘娶；那些没入官府的罪犯家属以及向来微贱的人，都不得补用。”太宗采纳了这个建议。
太宗已经下诏让宗室大臣世袭刺史职位，左庶子于志宁认为古今情况不同，恐怕不是长久安定之道，上疏劝谏。侍御史马周也上疏，认为：“尧、舜的父亲，还有丹朱、商均这样不成器的儿子。倘若有孩童继承职位，万一骄横愚昧，百姓就会遭受灾祸，国家也会
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