陆子升等几个最激烈的带头者被刘司业以“言行狂悖、滋扰监规”为由圈禁在省愆房“静思己过”，国子监内那根最危险的引信算是被临时掐灭了。然而，监外的怒火并未因此平息，反而因缺乏疏导而更加剧烈地燃烧起来。
九月十二日，数十名落榜生员从崇文门出发，一路行至孔庙。他们于大成门前高声诵读批判这次乡试主考、副主考取才不公的檄文。然后生员们于至圣先师像前放声大哭，声震云霄。这次哭庙行动引得无数百姓围观，交通为之阻塞。
同日，另一批人则手持状纸，涌向通政司衙门，高声喊冤，要求彻查科场舞弊。
这一次，顺天府的衙役不再是观望。得了明确指令的捕快快手如虎狼般扑入人群，锁链哐当作响，当场将哭庙喊冤最响的、几个看起来像是为首的生员一并锁拿，足有十余人，推搡着押往府衙大牢。其余人作鸟兽散，一场风波在暴力弹压下看似迅速平息，但那弥漫在京城士林中的怨愤与猜疑，却如同闷烧的灰烬，反而渗入了更深处。
朝廷的体面被公然冲击，顺天府的抓捕是维护秩序的必要反应，但也正式将“丙辰科北闱不公”的议论，从士子私下的牢骚，变成了摆上台面的、需要朝廷郑重回应的公案。
九月十五，旨意下达：着都察院、礼部、大理寺派员组成“丙辰科顺天乡试案”查勘班子，彻查今科取士诸情弊，务必水落石出。
消息传开，国子监内一片死寂般的紧张。所有新科举人被要求暂留京城，不得离京，随时备询。严恕等人的联名陈情书，此刻不再是孤立的士子上书，而成了查案官员眼中一份重要的、来自“内部”的线索。
查勘雷厉风行。办案的御史与郎中们首先调阅了所有中式朱墨卷，尤其是榜末那些名次突兀、且平日声名不显者的试卷。对比很快发现了问题：数份试卷，文理粗疏，甚至犯有常识错误，但破题承转的格式却异常工整，更关键的是，文中某些字眼的使用如“云霓”、“丙鉴”、“青阳”等，在不同试卷中反复出现，且出现位置颇有规律。这绝非巧合。
顺藤摸瓜，调取这些中式者在国子监或顺天府学的历次月考、录科档案，结果触目惊心：沈宗周、李茂才等人，历年考语多为“平平”甚至“荒怠”，课业文章多有不通，与其中举文章相比，判若云泥。
案情的突破，来自对被捕闹事生员的审讯。其中有人吐露曾听闻考场内有“关节”暗通，并含糊供出了一个中间人的名字——此人是顺天府辖下某县一名革职书办，专事在生员中牵线搭桥。
书办很快被抓获。几番较量之下，他崩溃了，供出了一张令人心惊的名单和运作方式：
主谋之一，竟是今科顺天府乡试副主考、翰林院侍讲学士——吴怀仁。
他利用副主考可参与“搜落卷”并可向主考推荐“遗才”的权力，精心编织了一张网：
通过那革职书办等中间人，暗中联系那些家资丰裕、渴求功名又才学不济的士子，以及一些欲为子弟铺路的官场外围人物。
接着约定关节，考前密会或通过可靠渠道，约定文章“暗号”。或在破题特定位置嵌入某字，或在承题某处使用特定典故词组如“云霓望切”、“丙三阳泰”等，务求隐蔽又能让内行人一眼辨出。
接着进行场内照应，他买通了包括一位外帘监试御史、两名受卷所书吏、以及誊录所的一名善书手。监试御史负责在搜检、场中巡视时对特定考生“网开一面”，默许其携带事先准备好的范文纲要或提供便利；受卷书吏则在收卷时，将做有特殊标记的“目标”试卷，在混入大批试卷前偷偷摘出，交给誊录所的善书手。
然后则是誊录调包，那善书手早已准备好数份根据关节暗号、预先请枪手做好的高质量文章，字迹刻意模仿不同风格。他将“目标”考生的原卷藏匿或销毁，然后将枪手文章用朱笔誊写，伪造成该考生的朱卷。真正的考生墨卷则被调换或处理。如此一来，即使后续弥封、誊录流程看似正常，送入内帘的“朱卷”已是彻头彻尾的伪作。<
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