许允之，迎接魏隐回到义兴郡，又进军攻打丘尪，把他打败了，然后和刘牢之边打边推进，所到之处都能取胜。谢琰留在乌程驻扎，派司马高素协助刘牢之，进军到浙江边。朝廷下诏任命刘牢之为都督吴郡诸军事。
当初，彭城人刘裕，生下来母亲就死了，他父亲刘翘在京口寄居，家里特别穷，打算把他扔了。同郡人刘怀敬的母亲，是刘裕的姨母，当时刚生下刘怀敬还不到一年，听说后赶紧跑去救刘裕，停下给刘怀敬喂奶，转而喂养刘裕。刘裕长大后，勇猛健壮，有远大志向，只认识几个字，靠卖鞋子为生，还喜欢玩樗蒲这种赌博游戏，被同乡人看不起。刘牢之攻打孙恩时，把刘裕召来当参军，让他带领几十个人去侦察贼兵情况。结果碰上几千个贼兵，刘裕马上迎上去交战，手下的人都死光了，刘裕自己也掉进河岸下。贼兵到岸边准备下去，刘裕挥舞长刀抬头砍杀了好几个人，才得以爬上岸，接着大喊着追赶贼兵，贼兵都被吓跑了，刘裕杀死杀伤了很多贼兵。刘敬宣奇怪刘裕怎么去了那么久不回来，带兵去找他，看到刘裕一个人追赶几千个贼兵，都惊呆了，连连赞叹。随后趁机进攻贼兵，把他们打得大败，杀死和俘虏了一千多人。
起初，孙恩听说八个郡都起来响应他，对手下说：“天下大事没什么问题了，我要和各位穿着朝服去建康。”不久听说刘牢之到了长江边，又说：“我占据浙江以东，至少也能当个勾践！”戊申这天，刘牢之带兵渡过长江，孙恩听到消息，说：“我跑路也不丢人。”于是驱赶着二十多万男女向东逃跑，在路上扔下了很多宝物、女子，官军只顾着争抢这些东西，孙恩因此得以逃脱，又逃回海岛上。高素在山阴打败了孙恩的党羽，斩杀了孙恩任命的吴郡太守陆瑰、吴兴太守丘尪、馀姚县令吴兴人沈穆夫。
东部地区遭遇战乱后，老百姓都盼着官军到来，可没想到刘牢之等人放纵士兵大肆抢掠，士人百姓大失所望，郡县城里都没人了，过了一个多月才渐渐有人回来。朝廷担心孙恩再来，任命谢琰为会稽太守、都督五郡军事，率领徐州的文武官员在海边驻守。
任命司马元显为录尚书事。当时的人把司马道子称为“东录”，司马元显称为“西录”；西录府门前车马挤满了，东录府门前却冷清得可以张网捕鸟。司马元显没有好的老师朋友，所亲信的都是些阿谀奉承的人，这些人有的说他是一代英杰，有的说他是风流名士。从此司马元显越来越骄横奢侈，暗示礼官上奏议论，说自己德行高、威望重，既然担任录尚书事，百官都应该对他表示最高的敬意。于是公卿以下的官员，见到司马元显都要下拜。当时战乱频繁，国家财政空虚，从司徒以下的官员，每天的口粮只有七升，可司马元显却不停地搜刮钱财，财富超过了皇帝的府库。
殷仲堪担心桓玄专横跋扈，就和杨佺期联姻，互为援助。杨佺期好几次想攻打桓玄，都被殷仲堪制止了。桓玄怕最终被殷仲堪、杨佺期消灭，就报告朝廷执政大臣，请求扩大自己的统辖范围；执政大臣也想挑动他们互相争斗，让他们离心离德，于是加授桓玄为都督荆州四郡军事，又让桓玄的哥哥桓伟代替杨佺期的哥哥杨广担任南蛮校尉。杨佺期又气又怕。杨广想抗拒桓伟，殷仲堪不同意，让杨广出去担任宜都、建平二郡太守。杨孜敬原先担任江夏相，桓玄派兵袭击并劫持了他，任命他为咨议参军。
杨佺期整顿军队，树立军旗，声称要去救援洛阳，想和殷仲堪一起袭击桓玄。殷仲堪虽然表面上和杨佺期结盟，心里却怀疑他的用心，苦苦劝阻他；但杨佺期不听，殷仲堪只好派堂弟殷遹驻扎在北部边境，来阻止杨佺期。杨佺期既不能单独起兵，又猜不透殷仲堪的真实想法，只好收兵。
“内核解读”
这段史料勾勒出东晋末年各方势力角力的混乱图景，其中的人物选择与局势演变，尽显乱世的荒诞与残酷，也暗藏着历史转折的伏笔：
--朝廷与地方的双重溃败：会稽世子元显的倒行逆施堪称“作死”典范——将免奴为客者强征为兵，激化东土矛盾，直接给了孙恩可乘
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