中华军来势汹汹，我们该如何是好？”一名清军将领面带恐惧地问道。
多尔衮脸色铁青，沉默良久，道：“如今我们已无退路，只能死守沈阳，等待朝鲜的援军。同时，令各地守军坚壁清野，拖延中华军的进攻速度，或许还有一线生机。”
然而，多尔衮的幻想很快便破灭了。朝鲜早已被中华海军震慑，不敢出兵支援；各地清军守军在中华军的强大攻势下，纷纷投降或逃窜，根本无法组织有效的抵抗。
十一月下旬，中华军中路军攻克辽阳，左路军攻克海城、鞍山，右路军稳固锦州防线，海军攻克营口、盖州，对沈阳形成了合围之势。“飞鸢”部队对沈阳城防实施了精准轰炸，炸开多个缺口；陆军炮兵部队的后膛炮与迫击炮也同时开火，猛烈轰击清军的防御工事；城内的汉人百姓在天机司间谍的联络下，发起暴动，打开城门，引导中华军入城。
清军士兵纷纷投降，只有少数死硬分子负隅顽抗，很快被中华军歼灭。多尔衮试图率领残部突围，被王忠亲自率领的先锋营拦截，激战中被生擒活捉。
十二月初一，沈阳城被中华军完全收复，辽东全境宣告光复，满清政权彻底覆灭。消息传到北京，全城百姓欢呼雀跃，纷纷走上街头，张灯结彩，庆祝这一历史性的胜利。王巢站在皇宫的城墙上，望着东北方向，心中感慨万千。
从山海关大战到收复辽东，短短八个月的时间，中华军用先进的武器、严明的军纪、完善的后勤与正确的战略，改变了历史的走向，避免了华夏文明的浩劫。如今，辽东已收复，满清已剿灭，中华军成为了当时中国最强大的军事力量，统一全国的道路已经畅通无阻。
十二月初十，王巢返回北京，举行了盛大的庆功宴，犒劳东征大军的将士们与文武百官。宴会上，王巢发表讲话：“辽东的收复，只是统一全国的第一步。接下来，我们要挥师南下，平定南方的割据势力，统一全国，恢复中原盛世！同时，我们要加强国家建设，发展生产，改善民生，提升科技水平，让中华大地重现往日的繁华与荣光，让华夏文明屹立于世界之巅！”
百官与将士们齐声欢呼，宴会气氛达到高潮。
庆功宴后，王巢开始着手准备统一南方的事宜。他令王忠率领东征大军休整三个月，补充兵员与物资，随后挥师南下；令徐阶加快南方的招抚工作，争取和平统一；令沈括加快军工坊的生产，为南下大军提供足够的武器装备；令宋应星加快铁路修建，将铁路从山海关延伸至沈阳，再从北京延伸至山东、河南等地，完善全国的交通网络。
此时的南方，南明残余势力与农民起义军得知中华军收复辽东、剿灭满清的消息后，陷入了恐慌。南明弘光政权在南京苟延残喘，内部腐败不堪，兵力薄弱；农民起义军李自成部与张献忠部相互攻伐，实力大减。他们深知，中华军的强大远超他们的想象，若不尽快做出选择，必将被中华军剿灭。
不少南方的割据势力与开明士绅纷纷派遣使者前往北京，表达归顺之意。王巢对这些使者表示，只要放下武器，接受改编，遵守中华军的军纪与政策，便可保留其官职与财产，与中原百姓一视同仁。
在王巢的感召下，越来越多的南方势力选择归顺。南明弘光政权的部分将领也认清了形势，率领部队归顺中华军，只有少数顽固分子仍在负隅顽抗。
崇祯十八年三月，王忠率领东征大军休整完毕，挥师南下，开始了统一南方的征程。大军一路势如破竹，先后收复河南、山东、安徽等地，对南明弘光政权与农民起义军形成了合围之势。
四月，中华军攻克南京，南明弘光政权覆灭；五月，收复武汉，李自成部溃败；六月，收复成都，张献忠部被歼灭。至崇祯十八年年底，南方大部分地区已被中华军收复，只剩下少数偏远地区的割据势力仍在抵抗。
崇祯十九年正月，王巢在南京举行了统一全国的誓师大会，下令对南方剩余的割据势力发起最后进攻。至三月，南方全境被中华军收复，全国统一大业宣告完成。
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