因便利的水运条件成为商贸与居住聚集区，长干里一带形成繁华市井。东晋时期，司马睿定都建康（今南京），秦淮河北岸开始兴建太学等文教设施，337年成帝在秦淮水南建立太学，成为当时全国最高学府。南朝宋、齐、梁、陈四代均以建康为都，秦淮区作为都城腹地，宫殿、官署、寺庙密集分布，乌衣巷成为王、谢等世家大族的聚居地，文化与政治地位达到顶峰，“六朝金粉”的繁华在此形成。
- 隋唐至宋元时期（起伏延续）：隋朝统一后，建康城遭夷平，秦淮区随南京整体地位下降，但秦淮河畔的商贸与居住功能并未完全消失，部分寺庙与民居得以保留。唐朝时期，南京改称升州，秦淮区属升州管辖，秦淮河畔再度成为江南重要的商贸节点，李白、杜牧等文人雅士在此留下众多诗篇，为区域文化增添底蕴。五代十国时期，南唐定都金陵，对秦淮河进行疏浚整治，修复部分古建筑，秦淮区东部区域成为皇家园林延伸地带。宋朝时期，南京改称江宁府，1034年江宁知府陈执中将夫子庙迁至今址，开启了夫子庙区域文教与市井文化融合发展的历程；元朝时期，南京改称集庆路，秦淮区属集庆路管辖，夫子庙改建为集庆路学，文教传统得以延续，秦淮河畔的商业活动逐渐恢复活力。
- 明清时期（文化鼎盛）：明朝是秦淮区历史发展的黄金时期，1368年朱元璋定都应天府（今南京），秦淮区成为都城核心组成部分。明初，夫子庙区域改为国子学，后迁址城北后改为应天府学，上元、江宁两县县学相继在此落户，形成“官学聚集”的文教格局。同时，紧邻夫子庙东侧的贡院成为会试考场，清代发展为全国最大的乡试考场，占地约30万平方米，拥有间号舍，清代112名状元中有58人出自此处。明成祖朱棣耗费19年在长干里修建大报恩寺，其琉璃宝塔被誉为“中国瓷塔”，与长城齐名，成为当时的世界奇迹之一。这一时期，秦淮河畔酒楼茶肆林立，市井文化繁荣，形成了独特的“庙市街景”合一格局。清朝时期，秦淮区文教与商业持续兴盛，尽管经历战乱影响，但夫子庙、贡院等核心设施得以保留修复，成为江南文化与商贸的重要地标。
- 近现代时期（转型发展）：1840年鸦片战争后，南京被迫开埠，秦淮区受西方文化影响，部分区域出现近代商业与建筑样式，但传统市井文化仍占据主导。1912年中华民国成立后，秦淮区作为老城核心，保留了大量传统建筑与文化形态，同时开始融入近代城市发展元素。抗日战争时期，秦淮区遭受严重破坏，夫子庙、大报恩寺等众多古建筑损毁严重。1945年抗战胜利后，部分建筑得到简易修复，秦淮河畔逐渐恢复生机。1949年南京解放后，秦淮区成为南京市核心辖区之一，1955年正式定名“秦淮区”，以秦淮河得名。2013年，原秦淮区与白下区合并，组建新的秦淮区，辖区范围扩大，文化与资源进一步整合，成为南京历史文化保护与发展的核心区域。
（二）文化脉络
秦淮区的文化以“天下文枢”为核心标识，融合儒家文教、佛教禅意、市井民俗等多元形态，形成了兼具高雅与世俗、传统与现代的独特文化体系，成为南京文化的灵魂所在。
- 儒家文教文化：秦淮区是中华文教福地，自汉代置学以来，文脉延续千年。秦淮河北岸先后建有太学、国子监、国子学、府学、县学等官学，南岸则分布着大量社学、义塾和蒙馆，两岸书香绵延不绝。夫子庙建筑群形成“前庙后学”的宏大格局，从照壁、泮池、天下文枢牌坊到大成殿、明德堂，构成完整的文教礼仪体系，其中明代万历十四年始建的“天下文枢”牌坊，成为秦淮文化最具含金量的地标，彰显其文化核心地位。贡院作为古代科举制度的重要载体，见证了无数文人的仕途梦想，成为“为国求贤”的南方重地，康熙帝御书的“天开文运”匾额高悬其上，印证了此处的文教分量。这种深厚的文教传统，使秦淮区成为儒家文化在江南传播的核心阵地。
- 佛教文化：秦淮区是“佛都金陵”的核心区域，佛教
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